完全子法人株式等、関連法人株式等については、配当等の額の計算期間の初日から末日まで継続して保有していることが必要です。完全子法人株式等を配当金の計算期間の中途で取得した場合にはその配当金は「益金算入」になります。
その他の株式等、非支配目的株式等については、継続保有の要件はなく、配当等の額の支払に係る基準日において所有していれば適用を受けることができます。
受取配当金の益金不算入は「二重課税防止」の目的から来ていますが、国税庁(財務省)は税収アップから持ち株に応じて益金不算入の割合を下げています。
ご指摘の通り、制度の趣旨からは矛盾していると思います。
税理士 松 田 修